Später wurden auch Mess- und Anzeigeinstrumente für Fahrzeuge entwickelt und produziert, z. B. für Marken wie Horch (heute Audi). Während des Zweiten Weltkriegs wurden vorwiegend Instrumente für Panzer- und andere motorisierte Einheiten der Wehrmacht sowie für die Kriegsmarine hergestellt. Kurz vor Ende des Krieges wurde Glashütte von der sowjetischen Luftwaffe bombardiert, dabei wurden auch große Teile der Firma Mühle zerstört.
1945 wurde der Familienbetrieb enteignet, da es sich um einen Rüstungsbetrieb bzw. kriegswichtigen Betrieb gehandelt hatte. Die erneute Gründung wurde 1946 von Hans Mühle, dem Enkel des Gründers, vollzogen. Unter dem neuen Namen „Hans Mühle Glashütte" erfolgte die Produktion von Messgeräten, Lauf- und Hemmwerken. Als Hans Mühle starb, übernahm sein Sohn Hans Jürgen Mühle im Jahre 1969 die Firma. 1972 wurde das Unternehmen zwangsverstaatlicht und im Jahre 1980 von der Glashütte Uhrenbetrieb (GUB) übernommen. Hans Jürgen Mühle war nach der Wende 1990 erst Abteilungsleiter, später Geschäftsführer der GUB.
1994 kam das Unternehmen wieder in den Besitz der Gründerfamilie. Anfangs wurden nur Schiffsuhren und Schiffsuhrsysteme hergestellt, was sich noch im aktuellen Firmennamen widerspiegelt. Später kam die Produktion von mechanischen Armbanduhren mit automatischem Aufzug auf der Grundlage von verbesserten (veredelten) Schweizer Werken, überwiegend der Hersteller ETA und Valjoux hinzu.
Nach dem Erscheinen der ersten Mühle-Uhrenkollektion warfen Kritiker aus den Reihen anderer Glashütter Uhrenmanufakturen der Fa. Mühle immer wieder vor, die Herkunftsbezeichnung „Glashütte“ zu Unrecht zu verwenden, da die in den Mühle-Uhren verwendeten Uhrwerke nicht in Glashütte hergestellt, sondern zugekauft seien. Dieser Streit ist seit Anfang 2008 beigelegt nachdem alle von Mühle vertriebenen Uhren inzwischen die Anforderungen an die Herkunftsbezeichnung "Glashütte" erfüllen
